Cálculo de espectro Raman para ZnO con Quantum Espresso

En lo siguiente se siguen las instrucciones en la dirección:

http://larrucea.eu/compute-ir-raman-spectra-qe/

En primer lugar se hace un cálculo scf creando el archivo zno.scf.in con el siguiente contenido:

!————————————–

&CONTROL

  calculation  = “scf”,

  prefix       = “ZNO”,

  pseudo_dir   = “./”,

  outdir       = “./”,

/

&SYSTEM

  ibrav=0, celldm(1) =6.330582528, nat=4, ntyp= 2,

  occupations=’smearing’, smearing=’gauss’, degauss=0.02,

  ecutwfc =80.0, !better 140

/

&ELECTRONS

  mixing_mode=’plain’

  mixing_beta = 0.5,

  startingwfc=’random’,

  conv_thr =  1.0d-8

/

CELL_PARAMETERS alat

  1.55820896     0.00000000     0.00000000

  0.00000000     0.86602540     -0.50000000

  0.00000000     0.00000000     1.00000000

ATOMIC_SPECIES

  Zn 65.409  Zn.pbe-d-hgh.UPF

  O  15.999  O.pbe-hgh.UPF

ATOMIC_POSITIONS

Zn       2.010975287   0.487933254  -0.051360548

Zn       1.234717421   0.199473387   0.448322227

O        1.051679030   0.488287222  -0.051814333

O        1.830251369   0.199830262   0.448810714

K_POINTS (automatic)

2 2 2 0 0 0

!—————————————

Para mandar correr en el cluster, enviamos el archivo qsub con

#!/bin/bash

#PBS -l nodes=1:ppn=40 -q supermicro

#PBS -N zno

#PBS -e .ERROR

#PBS -o .OUT

CODE=/usr/local/cluster_programs/espresso

cd “$PBS_O_WORKDIR”

# Run the Application

export OMP_NUM_THREADS=$PBS_NP

$CODE/pw.x < zno.scf.in >  zno.scf.out

!—————————-

Luego, hacemos el cálculo de fonones con el archivo zno.ph.in con el contenido:

!————————-

Normal modes for Wurtzite

&inputph

  tr2_ph=1.0d-14,

  prefix=’ZNO’,

  amass(1)=65.409,

  amass(2)=15.999,

  outdir=’.’

  epsil=.false.,

  trans=.true.,

  asr=.true.

  fildyn=’dmat.zno’

/

0.0 0.0 0.0

!—————————-

Para mandar correr hacemos el archivo ph.qsub

#!/bin/bash

#PBS -l nodes=1:ppn=40 -q supermicro

#PBS -N zno

#PBS -e .ERROR

#PBS -o .OUT

CODE=/usr/local/cluster_programs/espresso

cd “$PBS_O_WORKDIR”

# Run the Application

export OMP_NUM_THREADS=$PBS_NP

$CODE/ph.x < zno.ph.in >  zno.ph.out

Finalmente, creamos el archivo de analisis zno.dm.in con el contenido:

!———————–

&input fildyn=’dmat.zno’, asr=’zero-dim’ /

!————————-

que corremos con  dymat.qsub:

#!/bin/bash

#PBS -l nodes=1:ppn=40 -q supermicro

#PBS -N zno

#PBS -e .ERROR

#PBS -o .OUT

CODE=/usr/local/cluster_programs/espresso

cd “$PBS_O_WORKDIR”

# Run the Application

export OMP_NUM_THREADS=$PBS_NP

$CODE/dynmat.x < zno.dm.in >  zno.dm.out

!————————————–

 

 

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